日治時期，日月潭周邊原有兩座廟宇，分別為水社村的龍鳳宮與日月村的益化堂。由於日本進行發電工程，導致日月潭水位上升，兩座廟宇不得不遷移。當時，日本電力株式會社收購了廟宇資產，廟方利用這筆資金重新選址並合併建廟。1934年，文武廟開始在日月潭北畔的松柏崙動工重建，於1938年完工並遷建至此。
1969年，文武廟再次重建，採用中國北朝式建築風格，規模宏大，氣勢雄偉。整座廟宇分為三殿：前殿為拜殿，二樓的水雲宮供奉開基元祖與文昌帝君；中殿為武聖殿，內奉關聖帝君及岳武穆王；後殿為大成殿，供奉至聖先師孔子及其弟子。廟宇融合儒、釋、道三教諸神共居一堂，展現多元的信仰文化。
其中，大成殿是全臺唯一，二十四小時不關門的孔廟，象徵孔子「有教無類」的教育精神。殿內青銅鑄造的孔子坐像，是全台唯一供奉孔子聖像的孔廟，並供奉孟子與子思。這三尊神像原供奉於中國，但因清末義和團之亂，輾轉流落至日本的狹山不動寺，後經複製才移遷至文武廟。此外，顏子與曾子的神像則由後人集資塑造，隨侍孔子左右，展現對儒家先賢的崇敬與紀念。
廟前廣場上，一對巨大朱紅石獅吸引了眾多遊客的目光。這對石獅由新光集團創辦人吳火獅捐贈，因此當地民眾幽默地稱它們為「吳火獅」，為廟宇增添了一份趣味與人情味。
文武廟的建築風格更是參訪的一大亮點，廟宇結合中國北方建築的簡潔大方與南方建築的精緻華麗，從斗栱、雀替到結網的精細雕刻，每一處細節都展現出兩種建築風格的融合與巧妙差異，令人駐足細賞，深感其藝術與文化價值。 
