玄奘寺供奉的是唐代著名高僧玄奘大師，其舍利靈骨的故事與中日關係緊密相連。中日戰爭期間，日本軍隊從南京掠走玄奘大師的頂骨舍利，供奉於日本埼玉縣的慈恩寺。1955年，日本將部分頂骨舍利歸還中華民國，並暫時安奉於日月潭的玄光寺。1965年11月，玄奘寺落成後，舍利靈骨被正式迎至玄奘寺內，成為永久供奉之地。 此外，二龍山一帶因其獨特的風水格局而顯得格外神秘。相傳遠觀慈恩塔，其形狀宛如一柄巨劍直刺臥龍心臟，而這條臥龍便是日月潭的龍脈所在。坊間流傳，慈恩塔的建成破壞了日月潭「出總統」的風水格局，為這片湖光山色增添了一份神秘色彩。
