經濟部長的自我期許 1990年6月，蕭萬長接受行政院長郝柏村的延攬，出任經濟部長。當時輿論認為，他具有國際觀、前瞻性，而且工作資歷完整，很適合由他執掌經濟部。 他也回憶當時情景：「我雖然沒有準備，但我很樂意。」可見他的個性中，並不預期著任何職位，但是只要事情一到，他便全力以赴。 蕭萬長接到任務後，立刻整理出他對臺灣長期觀察的結果，提出各種解決辦法。首先，他觀察到，當時民間投資負成長，是臺灣經濟隱憂；其次，是環保議題與投資之間的衝突，造成工資上漲而影響投資意願、進而衝擊消費與出口。 他有份使命感，要從當時最棘手的投資與建設問題著手解決，像是「五輕」。 解決五輕爭議 蕭萬長首要解決的就是高雄後勁的中油五輕煉油廠設立爭議。 第一步就是實地走訪、了解衝突的核心所在。首先，他隻身來到後勁信仰中心「鳳屏宮」，參拜神農大帝，祈求百姓身體健康，更到大榕樹下加入老人家的聚會。 其次，則是避開公開行程的視察，私下住在後勁，觀察中油煉油廠的問題，發現惡臭的氣體正是造成居民反抗的最重要原因。 最後，他對惡臭、社區公共設施等問題，在中油、後勁居民之間來回溝通，化解民眾疑慮。1990年9月五輕得以動工，中油承諾25年後遷廠。2015年，五經廠停工，如今則有望迎來台積電進駐，更期待未來的發展。 臺灣走入世界的一大步 1991年，中華民國加入「亞太經濟合作會議」（簡稱APEC），這不僅是中華民國自從退出聯合國後首次加入國際組織，更是中華民國能夠與各會員經濟體談經貿合作、支持加入關稅暨貿易總協定（簡稱GATT）的重要機會。 蕭萬長以經濟部長身份，於同年9月，出席APEC在南韓首爾舉行的部長會議。只是會議中，各國代表都捏了一把冷汗，因為蕭萬長將會遇上中國大陸代表，之間會產生什麼火花，成為全場關注的焦點。 蕭萬長在會上，沈穩地表達出「中華民國在臺灣」的經濟政策、以及中華民國能為APEC帶來的貢獻，不僅藉此伸張中華民國的立場，卻不刻意挑起中國大陸敏感神經。他此次的發言，獲得各國代表的肯定。 此後，他更率團多次出席APEC部長級年會，以及五次APEC領袖會議（美國西雅圖、印尼茂物、印尼峇里島、中國北京、菲律賓馬尼拉）等，告訴世界，臺灣也是其中一份子。 臺灣的經濟政策發展 在擔任經濟部長期間，訂定「促進產業升級條例」，實施功能性獎勵，對進行研究發展、汙染防治和行銷的廠商，給予租稅減免的優惠等等，帶領臺灣產業重心轉移。 同時間，臺灣也以務實外交、南向政策等方向，推動臺灣產業與東南亞各國合作，達到實質交流。我國的平均每人國民所得，也在他的任期內突破一萬美元。 如同蕭萬長所述：「經濟就是經世濟民，要為人民謀福利，經濟才有意義。政府如何在這個民主的時代，與民眾理性溝通，是一個很大的課題。」
