新的十字樓除了保留了原有的十字形狀外，還加入了更多現代建築的素材和日式建築工法的結合。我們可以看到十字樓屋頂上，有著被稱為「太子樓」的氣窗設計，這是一個常見的日本和式建築的特色。太子樓指的是和式建築裡橫跨在屋頂屋脊上，促進採光和通風的小樓，在日文裡稱為「越屋根」（こしやね）。 關於為什麼在台灣稱為「太子樓」有多種說法。有可能是將主建築看成建築群體的首要地位，因此主建築市面較高的小樓被稱為太子樓。另一種可能是因為台灣廟宇多為兩層樓設計，最上層的小樓常常有神話人物的雕塑，許多是哪吒三太子的形象，所以可能因此得到太子樓的名稱。 不論是哪種原因，太子樓在新十字樓裡的設計，以玻璃透光材質的型態保存了下來。最初的設計是希望玻璃透光率更高，看起來更寬廣特別，但由於台灣的氣候原因，日曬過熱，效果不佳，不過這些問題在後來調整裝潢後得到了解決。
